独自SSL対応をした後、サーチコンソールの検索アナリティクスのクリック数が大きく減ることがあります。
その際、考えられることは、HTTPとHTTPSのURL変更に伴い、サーチコンソールがHTTPS:〇〇のURLをカウントしていないことが影響している可能性が高いです。
サーチコンソールでは、HTTPとHTTPSを違ったURLと認識し、カウントがなされません。
編集画面でサクッと変えたいところなのですが、サーチコンソールにはHTTPをHTTPSに変更する機能がないため、HTTPSで再度登録をし直す必要があります。
編集方法については、下記が参考になるかと思います。
サイトのHTTPS化で必要となるGoogleサーチコンソールの再登録方法
もしクリック数が激減した場合には、慌てず騒がす、まずは再登録で様子をみてみましょう。